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Nach dem Ende der großen Christenverfolgungen durch das Mailänder Edikt im Jahre 313 sahen viele römische Kaiser im christlichen Glauben ein geeignetes Mittel zur Stärkung des inneren Zusammenhaltes ihres Reiches. Aus dieser Haltung heraus wertete der oströmische Kaiser Theodosius (+395) Häresie als Majestätsverbrechen (crimen laesae majestatis) und bestrafte Häretiker mit Eigentumsentzug und Verbannung. Damit entstanden offizielle »Ketzergesetze«, die jedoch nicht auf die Kirche, sondern auf den Kaiser zurückgingen. Im Westen lies Kaiser Magnus Maximus ungefähr zeitgleich den Häretiker Priscillian hinrichten (+385). Bemerkenswert ist die Reaktion der Kirche: Papst Siricius (+399), der hl. Ambrosius von Mailand (+397) und der hl. Martin von Tours (ebenfalls +397) protestierten heftig. Der hl. Johannes Chrysostomus (+407) erklärte: »Einen Ketzer zum Tod zu verurteilen ist ein Vergehen ohne mögliche Wiedergutmachung.« Tatsächlich blieben solche Hinrichtungen im ersten Jahrtausend die große Ausnahme.

Im 12./13. Jahrhundert breitete sich in Europa aus dem Orient kommend eine neue Sekte aus: die Katharer, die »Reinen«. Sie vertraten ein streng dualistisches Weltbild, d.h. sie sahen die Welt als das Produkt eines guten und eines bösen Gottes. Der gute Gott sei rein geistig, von ihm stamme die Seele, der böse Gott beherrsche die Materie, er habe den Leib und alles Materielle geschaffen. Folglich sei alles Stoffliche grundsätzlich schlecht z.B. Sexualität, Familie und Staat. Die Katharer verlangten strenge Abtötung, um den Mensch möglichst von Materie rein zu halten. Nur wer sich strengen Fastengeboten unterwarf, ehelos lebte (schwangere Frauen hielt man für dämonisch besessen) und mit dem Staat und der Welt möglichst wenig in Berührung stand, war ein »Perfectus«, ein Vollkommener. Auch die Kirche zählte zum Reich des Bösen, da sie für die Sakramente materielle Dinge (Brot, Wein, Wasser, Öl) verwendete. Die Katharer spendeten stattdessen eine Geisttaufe, das Consolamentum. Wer zu Lebzeiten nicht als Perfectus leben konnte, hatte wenigstens in der Todesstunde das Consolamentum zu empfangen (das dann Endura hieß), durfte aber anschließend nichts mehr essen, da ja materielle Nahrung als schlecht galt. Für Schwerkranke, die nach dem Empfang der Endura wieder gesundeten, bedeutete das den sicheren Hungertod. Die sittliche Strenge der Katharer faszinierte viele Menschen, ihre Lehre verbreitete sich dementsprechend schnell.
Gleichzeitig kann man sich leicht die Probleme vorstellen, die sich aus dieser Lehre für das soziale Zusammenleben ergaben. Während der christliche Klerus gegenüber den Katharern überraschend gelassen blieb, nahmen die weltlichen Herrscher eine eindeutig ablehnende Position ein: Wer wie die Katharer alles Weltliche als teuflisch verdammte, keine Treueide leistete usw., der bildete eine offene Gefahr für die gesellschaftliche Ordnung. In Orléans ließ 1022 König Robert der Fromme zwölf Domherren verbrennen, die der Katharer-Häresie angeklagt waren. In Mailand brachte 1029 der Stadtadel mit derselben Anklage eine Reihe von Standesgenossen auf den Scheiterhaufen. Immer öfter ergriff das Volk selbst die Initiative. Als im Jahr 1115 das Konzil von Beauvais ausführlich über das Schicksal von Häretikern beriet, verbrannte das Volk kurzerhand selber »die Milde des Klerus fürchtend« die Ketzer. Ähnlich übte das Volk in Köln 1144 gegenüber den Häretikern eigene Lynchjustiz, entgegen des Willens des Erzbischofs. Bernhard von Clairvaux (+1153), der bekannteste Kreuzzugsprediger der damaligen Zeit und folglich sicher kein Pazifist, erklärte: »Wir billigen den Eifer [des Volkes], aber nicht, was es getan hat, denn der Glaube ist ein Werk der Überzeugung, er lässt sich nicht mit Gewalt aufdrängen.« Häretiker müsse man, so Bernhard, »nicht mit Waffen, sondern Argumenten packen.«
1199 entsandte Papst Innozenz III. Zisterziensermönche nach Südfrankreich in die Hochburgen der Katharer, um sie durch Dialog wieder mit der Kirche zu versöhnen. Erst als der päpstliche Legat Peter von Castelaun dort von Katharern ermordet wurde, riefen Papst und weltliche Herrscher zum blutigen Albigenserkrieg (1209-1229; benannt nach der Stadt Albi). Auch Kaiser Friedrich Barbarossa ordnete für sein Herrschaftsgebiet an, alle Ketzer zu ergreifen, ihren Besitz einzuziehen und sie öffentlich zu verbrennen. 1232 wurde diese Regelung zum Reichsgesetz.
Mit dieser Entwicklung wurde die Kirche unweigerlich in die staatlichen Ketzergesetze hineingezogen, denn die Untersuchung der Ketzervorwürfe fiel natürlich in den Zuständigkeitsbereich der kirchlichen Gerichte, die im Fall einer Verurteilung den Häretiker dem weltlichen Arm zur Bestrafung zu übergeben hatten. Erschwerend kam hinzu, dass der Klerus oft mit dem Adel in guter Verbindung stand oder sogar selber weltliche Interessen verfolgte, so dass sicherlich manche Verurteilung mit dem Ziel erfolgte, sich den Besitz des Angeklagten anzueignen.

Auf diesem Hintergrund kam es im Jahre 1231 zur Gründung der »Inquisition«. Papst Gregor IX. nahm den oft bestechlichen Bischöfen die Ketzerermittlungen aus der Hand und übertrug die Aufgabe dem neu gegründeten Dominikanerorden. Dessen Mitglieder waren theologisch gut ausgebildet und aufgrund ihres Armutsgelübdes für Bestechlichkeit relativ unanfällig. Inquisition, vom lat. inquirere, bedeutet Untersuchung: Ab jetzt sollten Urteile nur nach sorgfältiger Untersuchung des objektiven Tatbestandes gefällt werden. Die Erfindung der Inquisition hatte also zum Ziel, parteiliche Urteile zu verhindern und einen größeren Schutz der angeklagten Häretiker zu gewährleisten.
Wenn der Inquisitor in eine Ortschaft kam, rief er eine »Gnadenfrist« von 15-40 Tagen aus, in der alle Irrgläubigen mit der sicheren Garantie einer Begnadigung umkehren konnten. Wer denunziert wurde, konnte dem Inquisitor eine Liste seiner Feinde übergeben; war einer davon sein Ankläger, wurde die Klage sofort fallengelassen. Im Fall eines Prozesses war eine Reihe von klaren Regeln zu befolgen: Die Protokolle der richterlichen Verfahren mussten sorgfältig aufbewahrt und periodisch vorgelegt werden. Diese Aufzeichnungen bilden eine Goldgrube für heutige Forscher; sie zeigen, dass bei den oft willkürlichen weltlichen Gerichten nichts Vergleichbares zu finden ist. Wurde jemand der Ketzerei überführt, so wurde er in den meisten Fällen leichter bestraft als es vor der Einführung der Inquisition üblich war. Für die Anwendung von Folter, die damals allgemein üblich war, galt bei der Inquisition die Regel, sie dürfe nur einmal angewandt werden, es dürfe kein bleibender Schaden entstehen und das Geständnis könne nur verwendet werden, wenn es anschließend (wenn also keine Folter mehr drohte) freiwillig wiederholt wurde. »Es ist besser«, so erklärte 1243 die Synode von Narbonne, »eine Schandtat ungestraft zu lassen, als einen Unschuldigen zu verurteilen«.
Wurde ein Angeklagter letztendlich doch schuldig gesprochen, so wurde eine Abschwörung verlangt und eine Buße aufgegeben. Erst die Verweigerung der Abschwörung führte zur Verurteilung und Auslieferung an die staatliche Gewalt, die den Ketzer nach dem weltlichen Recht (siehe oben) zum Tode verurteilte.

Die Spanische Inquisition war keine kirchliche Einrichtung, sondern eine staatliche. Im 15. Jhd. bemühte sich König Ferdinand II. um den erfolgreichen Abschluss der Rückeroberung Spaniens von den muslimischen Mauren (Reconquista). 1492 fiel Granada, die letzte maurische Bastion. In der Folgezeit versuchte der König die religiöse Einheit seines Landes zu stärken, indem er Muslime und Juden auswies. Um der Verbannung zu entgehen, traten viele zum Christentum über.
(Interessant: Ein Großteil der ausgewiesenen Juden wurde von Papst Alexander VI. in den Kirchenstaat aufgenommen.) Damit stieg in Spanien sprunghaft die Zahl der Conversos (Konvertiten). Allerdings war die Bekehrung nicht immer ernst gemeint; oft hielt man im Zweifelsfall doch lieber zu den alten Glaubensgenossen. Als die Türken die süditalienische Stadt Otranto (damals spanisches Gebiet) angriffen, 12.000 Menschen töteten, den Erzbischof zersägten und den Rest versklavten, wurde deutlich, dass sich dasselbe an jeder Küstenstadt Spaniens wiederholen könnte – wenn nämlich Konvertiten, die nur äußerlich vorgaben, Christen zu sein, nachts die Tore der Stadt für die Türken öffneten. Darum bemühte sich der König um die Einführung einer »privaten« Inquisition, die ihm persönlich verantwortlich sein würde.

Von manchen Kritikern wurden der staatlichen Spanischen Inquisition utopische 95 Millionen Opfer zur Last gelegt. Bereits um 1980 haben Experten die Zahlen auf rund 10.000 gesenkt. Aufgrund der jüngsten Akteneinsicht in die Dokumente der vatikanischen Archive (seit 1998 geöffnet), wurden die Zahlen nochmals korrigiert: Bis ins 17. Jhd. fanden in Spanien insg. 44.647 Ketzerprozesse statt, anfangs meistens über konvertierte Juden, später auch über Protestanten; in rund 800 Fällen (1,8%) wurde ein Todesurteil ausgesprochen.

Auch wenn Fehler von anderen Konfessionen nicht eigene Fehler rechtfertigen, so kann doch ein Vergleich helfen, die Opferzahlen der Inquisition in ihren richtigen Proportionen zu sehen: Königin Elizabeth I. ist in ihrer Regierungszeit (1558-1603) für mehr religiös motivierte Hinrichtungen von Katholiken verantwortlich als die spanische und römische Inquisition in einer Periode von drei Jahrhunderten zusammen.

Die sog. Römische Inquisition wurde erst im Jahr 1542 von Papst Paul III. gegründet. Ihr Ziel war die Prüfung theologischer Irrlehren, die sich im Zuge der Reformation in Italien auszubreiten drohten. Statt den Prozess dem Urteil eines einzelnen Inquisitors zu überlassen, legte der Papst ein einheitliches Rechtsverfahren fest. In einem offiziellen Handbuch der römischen Inquisition von Francisco Pena (1578) heißt es:
"Behandle den Angeklagten während der Vernehmung mit Rücksicht. (...) Kein Inquisitor darf den Versuch machen, ihnen [den Angeklagten] Worte in den Mund zu legen. Kein Inquisitor darf Versprechungen oder Drohungen äußern in der Hoffnung, damit ein Geständnis zu erhalten. Du darfst nicht nur die Beweismittel aufzählen, die den Angeklagten belasten, sondern musst auch die erwähnen, die für ihn sprechen. (...) Unterbrich einen Beschuldigten nie, wenn er seine Version der Wahrheit vorträgt, auch wenn es spät ist und du längst zu Bett gehen wolltest. (...) Denk daran, dass du irren kannst."

In den Gefängnissen der Römischen Inquisition hatte der Angeklagte Anspruch auf ein Bett und einen Tisch, eine Waschgelegenheit und Handtücher, zweimal pro Woche frische Bettwäsche, saubere Kleidung und regelmäßige Verpflegung. Lautete ein Urteil auf »lebenslänglich«, wurde der Verurteilte, wenn er Reue zeigte, nach drei Jahren entlassen. Im Vergleich mit den damals üblichen Zuständen bedeutete die Inquisition einen wesentlichen Schritt in Richtung des modernen humanen Strafvollzugs. Ziel war nicht die Vernichtung, sondern die Besserung des Angeklagten.
Dementsprechend niedrig sind die Opferzahlen: Bis zum Ende des 16. Jh. wurden im gesamten Einflussgebiet der Römischen Inquisition nach aktuellem Forschungsstand weniger als 50 Todesurteile vollstreckt.

Die Entscheidung von Papst Johannes Paul II. im Jahre 1998, die vatikanischen Archive der Römischen Inquisition für die Forschung zu öffnen, hat das negative Bild der Inquisition grundlegend gewandelt. Inquisitor Bernard Gui (Dominikaner, +1331), der in Umberto Ecos Roman "Im Namen der Rose" als unmenschliches Monster dargestellt wird, hat in seiner gesamten Amtszeit als Inquisitor rund 5000 Fälle behandelt, über 4000 hat er als haltlos zurückgewiesen und nur 930 Urteile gefällt, davon 42 Todesurteile (1%). In Carcasonne, der Hochburg der Katharer, fällte der Inquisitor zwischen 1240 und 1258 nur 278 Urteile – die meisten davon auf »Pilgerfahrt ins Heilige Land«.
Leider gab es in der Geschichte der Inquisition auch unrühmliche Einzelgestalten. Aufs Ganze gesehen aber war die Inquisition weder blutrünstig noch fanatisch – auf jeden Fall war sie wesentlich besser als ihr Ruf. Gerade im Vergleich zu anderen Gerichten früherer Zeiten beschreibt die Historikerin Silvana Seidel Menchi die Inquisition als eine »bemerkenswert korrekte und gewissenhafte Institution, die mit hoher Kompetenz und Unparteilichkeit agierte und als ein Modell juristischer Präzision und Strenge schon das moderne Verständnis der Kriminaljustiz unter gewissen Gesichtspunkten vorwegnahm.« Und Rainer Decker, der im Rahmen eines auf 12 Jahre angelegten Projekts der Deutschen Forschungsgesellschaft die Prozessakten der Inquisition ausgewertet hat, stellt fest: Das Heilige Offizium »bot … dem Angeklagten ein relativ faires Verfahren, in dem Unschuldige eine gute Chance hatten, der Wahrheit zum Sieg zu verhelfen … Schon jetzt zeichnet sich ab, dass der Beitrag der Inquisition für die europäische Rechts- und Kulturgeschichte aus heutiger Sicht nicht nur negativ zu bewerten ist.«
Dennoch hat es Versagen der Kirche und Gewalt im Namen der Religion gegeben, wozu sich Johannes Paul II. im historischen Schuldbekenntnis zum Jahr 2000 bekannt und um Vergebung gebeten hat: »Herr der Welt, Vater aller Menschen, durch deinen Sohn hast du uns gebeten, auch den Feind zu lieben, denen Gutes zu tun, die uns hassen, und für die zu beten, die uns verfolgen. Doch oft haben die Christen das Evangelium verleugnet und der Logik der Gewalt nachgegeben. Die Rechte von Stämmen und Völkern haben sie verletzt, deren Kulturen und religiösen Traditionen verachtet: Erweise uns deine Geduld und dein Erbarmen! Vergib uns! Darum bitten wir durch Christus unseren Herrn.«

• Christoph Auffahrt, Die Ketzer. Katharer, Waldenser und andere religiöse Bewegungen. München: C.H. Beck 2008.
• Michael Hesemann, Die Dunkelmänner. Mythen, Lügen und Legenden um die Kirchengeschichte.
• Augsburg: Sankt Ulrich Verlag 2007, 154-172 (Kapitel 14 »Die Inquisition«).
• Gerd Schwerhoff, Die Inquisition. Ketzerverfolgung im Mittelalter und Neuzeit. München: C.H. Beck 2008.
• Hans C. Zander, Kurzgefasste Verteidigung der Heiligen Inquisition. Gütersloh: Gütersloher Verlagshaus 2007.
• Empfehlenswert ist auch: DVD-Reihe Mein Gott und Walter (von Dr. J.M. Schwarz), Folge Nr. 16.